تمَّ إنشاء المركز في العام 1977 تحت اسم “مركز بحوث ودراسات الجهاد الليبي” وفقا لقرار من اللجنة الشعبية العامة (مجلس الوزراء) في 17 أغسطس 1977 ومقره مدينة طرابلس. عدّل اسمه إلى “مركز جهاد الليبيين للدراسات التاريخية” العام 1980.
بتاريخ 13 مايو سنة 2009م صدر عن اللجنة الشعبية العامة (مجلس الوزراء) القرار 207 القاضي بتولي المركز الليبي للمحفوظات والدراسات التاريخية جمع وحفظ وفهرسة وحماية الوثائق والمخطوطات ذات الأهمية التاريخية التي تشكل الأرشيف العمومي للدولة.
وبتاريخ 7/ 2/ 2010م، صدر قرار اللجنة الشعبية العامة رقم 218 ونص على:
تجميع وحفظ المخطوطات والوثائق وتبويبها وفهرستها .
تجميع وتتبع أصول أو نسخ الوثائق الناجمة عن أعمال وممارسات نشاطات الدولة بمختلف مكوناتها وفاعلياتها وفي جميع مراحلها .
وبتاريخ 29/ 3/ 2012م، أصدر المجلس الوطني الانتقالي القانـون رقم 24/2012 معطياً ليبيا ولأول مرة في تاريخها قانونا متكاملاً للأرشيف الليبي والمخطوطات والدراسات تحت اسم “المركز الليبي للمحفوظات والدراسات التاريخية”.
وهكذا انطلق الأرشيف الليبي لتحقيق هدفين الأول علمي موضوعي يتمثل في حفظ الذاكرة الجماعية الليبية للباحثين وللمهتمين ولعامة الشعب، والثاني سياسي لتحقيق مطلب الشعب الليبي بالاعتراف والاعتذار والتعويض عن الفترة الاستعمارية وبالذات الإيطالية، تحقيقاً لمقتضيات العدالة الانتقالية.